1996-2002

Power Star

Mario hizo su debut en 3D en "Super Mario 64" (1996). La Princesa Peach envía a Mario una carta invitándolo a unirse a ella en su castillo para un pastel; sin embargo, cuando llega, Mario descubre que Bowser ha invadido el castillo y encarceló a la princesa y sus sirvientes dentro de él usando las estrellas de poder (Power Stars) del castillo. Muchas de las pinturas del castillo son portales a otros mundos, en el cual secuaces de Bowser protegen a las estrellas. Mario explora el castillo y estos otros mundos para recuperar las estrellas. Gana acceso a más portales de pintura mientras recupera más estrellas y él atraviesa tres carreras de obstáculos que le conducen a batallas con Bowser. Derrotar a Bowser las primeras dos veces le hace ganar a Mario llaves con las que se abren nuevos niveles del castillo mientras que en la batalla final libera a Peach, que premia a Mario con el pastel que le prometió.

Evil Gadd sosteniendo el F.L.U.D.D

En "Super Mario Sunshine" (2002), Mario, Toadsworth y la princesa Peach van de vacaciones a Isla Delfino, una isla tropical. Una persona que se asemeja a Mario, conocido como "Shadow Mario", vandaliza y contamina toda la isla con un pincel mágico. El vandalismo ha causado también que los Shine Sprites (Soles) escapen de la ciudad principal de la isla, y cubre a la isla en la oscuridad. Culpado por el desastre, Mario es arrestado por las autoridades de la isla y le ordenan limpiar Isla Delfino. Mario está equipado con F.L.U.D.D., un dispositivo robótico de mangueras inventado por el profesor E. Gadd, que usa para limpiar la contaminación y recoger los Shine Sprites. Mientras tanto, Peach es secuestrada por Shadow Mario, quien revela que es Bowser Jr., el hijo de Bowser, robó también el pincel del profesor E. Gadd. Mario finalmente se enfrenta a Bowser y Bowser Jr. y rescata a la princesa. Con la isla limpiada, Mario y Peach empiezan sus vacaciones.