2003-2009

Durante los años 2003, 2004 y 2005 la compañía de Nintendo no desarrolló ningún videojuego.

Bowser y Bowser Jr.

En su regreso en 2006, Mario volvió a protagonizar el videojuego "New Super Mario Bros". Mientras que Mario y Peach paseaban juntos por el Reino Champiñón, Bowser Jr. secuestra a Peach y huye. Mario lo persigue, aventurándose a través de ocho mundos y descubre nuevos poderes como la capacidad de ser gigante por cierto tiempo y obtener un caparazón Koopa azul. Mario derrota a Bowser y Bowser Jr. y rescata a Peach.

En "Super Mario Galaxy" (2007), Mario es invitado por la princesa Peach para el Festival Estrella del centenario en el Reino Champiñón. A su llegada, Bowser invade el Reino y arranca el castillo de Peach desde sus cimientos y lo levanta al espacio exterior. Después de no poder evitar que la princesa fuera secuestrada, Mario conoce a criaturas estrella llamadas Destellos (Lumas en inglés) y a su compañera, Estela. Ella le dice a Mario que Bowser ha robado las estrellas de energía (Power Stars), la fuente de energía para el Observatorio móvil de Estela/Rosalina y ha llevado a Peach al centro del universo. Mario entonces viaja a varias galaxias para rescatar las estrellas, restaurar la energía al Observatorio y rescatar a la princesa Peach.

Estela

En el videojuego "New Super Mario Bros" (2009), Mario, Luigi y dos Toads asisten a la fiesta de cumpleaños de la princesa Peach cuando Bowser Jr. y los otros siete Koopalings emboscan a la princesa y la secuestran. Mario, Luigi y los dos Toads los persiguen a través de ocho mundos, derrotan a cada Koopaling a medida que avanzan. El cuarteto eventualmente se enfrenta a Bowser, lo derrotan y rescatan a la princesa.